بهترین کاربرد سیستم فن کویل مربوط به مواردی است که بخواهیم درجه حرارت هر فضا بهطور جداگانه کنترل شود. همچنین با استفاده از سیستم فن کویل از انتقال الودگی بین اتاقها جلوگیری خواهد شد. کاربردهای مناسب این سیستم عبارتند از: هتلها و متلها و ساختمانهای اپارتمانی و ساختمانهای اداری . اگر چه در تعدادی از ساختمانهای بیمارستانها نیز از سیستم فن کویل استفاده میشود ولی این موضوع چندان مناسب نبست زیرا بازده فیلتر هوای فن کویلها کم است و نگهداری و تمیز کردن آنها نیز مشکل خواهد بود


